La historia de la administración educativa en el Departamento del Guaviare, antes Comisaría Especial del Guaviare, se remonta a 1966. En esa época, se estableció una colaboración con la iglesia para implementar la política de educación contratada, llevando los servicios educativos a localidades como Mocuare y Miraflores. Los establecimientos educativos bajo este esquema estaban coordinados por directores de núcleo, supervisores y la iglesia.

La administración inició con un Director de Educación a nivel comisarial, evolucionando hacia la creación de la Secretaría de Educación Comisarial, asumiendo la responsabilidad de la labor educativa en la región. En 1980, se nombraron seis supervisores de educación jerárquicamente dependientes del secretario. En 1982, se introdujo el Mapa Educativo con el propósito de establecer un sistema de administración local de la educación, denominado Nuclearización Educativa según el acuerdo No. 010 de 1982.

En 1990, mediante la Ley 29 de 1989, el Ministerio de Educación Nacional transfirió al municipio de San José la administración de los educadores en el departamento. En 1991, el Departamento del Guaviare fue creado por mandato constitucional.

Desde 2008, la Secretaría cuenta con un modelo de operación basado en procesos, con un Sistema de Gestión de Calidad implementado conforme a la norma NTC ISO 9001:2000.

La Secretaría de Educación de la Gobernación de Guaviare asume la responsabilidad de garantizar el derecho a la educación en las regiones del departamento, con el objetivo de fortalecer la calidad de la educación pública para mejorar las condiciones de vida de los guaviarenses.